鎖国期(1820年頃)の復元建物
第Ⅰ期事業 2000（平成12）年復元
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Ⅰ-１
- 一番船船頭部屋
- オランダ船（一番船）船長や商館員の居宅として使用されていた建物。
1階は倉庫として使用された土間を、2階はテーブルやベッドなどを展示し、当時の居室を再現しています。
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Ⅰ-２
- 一番蔵
- 輸入品である砂糖が収められていた蔵。
出島内の倉庫は耐火のため土蔵造りでした。建物内部では復元工事の過程を紹介。発掘調査で見つかった当時の建物の基礎石も公開しています。
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Ⅰ-３
- 二番蔵（貿易館）
- 主に輸入品である蘇木（染料）が収められていた蔵。1階は「貿易と文化の交流」をテーマに、出島に出入りしたさまざまな貿易品を紹介しています。
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Ⅰ-４
- ヘトル部屋
- オランダ商館の商館長次席（ヘトル）の住居。
1階は「出島グッズ」などを販売するミュージアムショップ、2階は企画展を開催する企画体験調理室となっています。オストメイト対応のトイレもこちらに設置しています。
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Ⅰ-５
- 料理部屋
- 商館員たちは1日2回、カピタン部屋の2階で食事をしていました。その食事を作っていたところが料理部屋。出島へ出入りしていた通詞や役人は珍しい西洋料理をお土産として持ち帰り、大変喜ばれたそうです。
第Ⅱ期事業 2006（平成18）年復元
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Ⅱ-１
- 三番蔵
- 砂糖のほか、さまざまな輸入品が収められていた蔵。当時の倉庫の様子を再現しています。
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Ⅱ-２
- 拝礼筆者蘭人部屋（蘭学館）
- 帳簿などの筆記を行うオランダ人の書記の長が住んでいた建物。出島から入ってきた蘭学を紹介しています。
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Ⅱ-３
- カピタン部屋
- オランダ商館長（カピタン）の事務所や住居として使用されていた出島で最も大きな建物。日本の役人や大名などが出島を訪れたときに、接待の場所としても使われていました。1階は出島の歴史や生活に関する展示、2階は商館長の生活の様子を再現展示しています。
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Ⅱ-４
- 乙名（おとな）部屋
- 出島において日本側の貿易事務や管理を担当していた出島乙名が拠点とした建物。出島乙名は、出島を築いた出島町人から選ばれました。1階では乙名の仕事を分かりやすく紹介しています。
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Ⅱ-５
- 水門
- 西洋と日本の文化・学術・貿易品が最初に出入りした象徴的な建物。2つの通り口のうち南側は輸入用、北側は輸出用に使われていました。
第Ⅲ期事業 2016（平成28）年復元
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Ⅲ-１
- 十六番蔵
- かつての丁子蔵を企画展示室と収蔵庫としています。
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Ⅲ-２
- 筆者蘭人部屋（オランダ人の書記の住居）
- 出島が貿易や文化交流を通じて世界と日本各地とつながっていた様子をわかりやすく紹介しています。（男女トイレ・車いす対応トイレ・オストメイト対応トイレ・エレベーターがあります）
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Ⅲ-３
- 十四番蔵
- かつては砂糖の蔵でした。蔵の下の発掘遺構や出島築造の様子、出島と長崎の町をつなぐ橋を紹介しています。
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Ⅲ-４
- 乙名（おとな）詰所
- 表門から出入りする人を監視するために出島の管理者である乙名が詰めていました。
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Ⅲ-５
- 組頭（くみがしら）部屋
- 乙名の補佐役（組頭）の名前がついていますが、銅を計量したり、梱包したりしていました。
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Ⅲ-６
- 銅蔵
- 出島の主要な輸出品である銅を保管している様子を再現し、銅を通じて日本・世界がつながっていた歴史を映像で紹介しています。
